Genomet er det samme i hver celle. Transkriptomet er ikke. Transkriptomik studerer alle RNA-transkripter produceret af et genom på et givet tidspunkt. Det måler, hvilke gener der er aktiveret, hvor kraftigt, og hvordan deres udtryk ændrer sig. Det indfanger en celles dynamiske tilstand, hvilket er grunden til, at det bruges til at studere udvikling, sygdom og lægemiddelrespons.

Den primære teknologi er RNA-sekventering. RNA ekstraheres fra en prøve, omdannes til komplementært DNA og sekventeres. De resulterende aflæsninger kortlægges til genomet, og antallet af aflæsninger pr. gen angiver ekspressionsniveauet. Alternativ splejsning, nye transkripter og fusionsgener kan også detekteres. Mikroarrays var den tidligere teknologi, og de bruges stadig til nogle anvendelser.

Transkriptomik anvendes i vid udstrækning. Inden for kræft klassificerer det tumorer efter deres genekspressionsprofiler, hvilket kan vejlede behandlingen. Inden for immunologi studerer det, hvordan immunceller reagerer på infektion. Inden for neurovidenskab kortlægger det genekspression på tværs af hjerneområder. Inden for landbrug identificerer det gener, der hjælper afgrøder med at tolerere tørke. Det er et grundlæggende værktøj inden for funktionel genomik.

Dataene er komplekse. Et enkelt eksperiment kan producere millioner af målinger. Normalisering, statistisk analyse og biologisk fortolkning er afgørende. Transkriptomik handler ikke kun om lister over gener. Det handler om at forstå, hvordan netværk af gener fungerer sammen.