Nu fiecare genă codifică o enzimă sau o proteină structurală. O genă reglatoare produce un produs - de obicei un factor de transcripție sau ARN necodificator - care controlează dacă alte gene sunt activate sau dezactivate. Aceste gene se află în vârful ierarhiilor de reglare și coordonează programe complexe de dezvoltare și fiziologice.

Exemple clasice includ represorul lac din bacterii și genele homeobox care modelează axele corpului animalelor. Mutațiile genelor reglatoare au adesea efecte pe scară largă, deoarece modifică expresia multor ținte din aval. Dozajul și momentul în care se administrează regulator sunt critice; prea mult sau prea puțin regulator poate perturba căi metabolice întregi.

Genomica modernă a relevat că o mare parte din genom este dedicată funcțiilor de reglare. Cartografierea interacțiunilor dintre genele reglatoare și țintele lor rămâne un efort major în biologia sistemelor și cercetarea bolilor.

• Gena care controlează expresia altor gene
• Adesea codifică factorii de transcripție
• Coordonează programele de dezvoltare și metabolice
• Mutațiile pot avea efecte fenotipice largi