Em 1517, um frade agostiniano alemão publicou um conjunto de teses académicas sobre as indulgências. Em menos de uma década, a disputa transformou-se numa ruptura continental. A Reforma Protestante é o nome dado a esta convulsão do século XVI que dividiu permanentemente o cristianismo ocidental em correntes protestante e católica.

A ideia principal de Martinho Lutero era a justificação somente pela fé. As boas obras e a observância sacramental, defendia, não podiam garantir a justificação diante de Deus; só a confiança na promessa de Cristo o poderia fazer. As Escrituras, e não o ensinamento da Igreja, eram a autoridade máxima. Outros reformadores — Zwingli em Zurique, Calvino em Genebra, os anabatistas em vários lugares — levaram esta lógica mais longe ou em direções diferentes. Seguiram-se Bíblias em língua vernácula, cânticos congregacionais e cultos simplificados. Os governantes políticos cedo se aperceberam tanto da oportunidade como do perigo; o resultado foi uma manta de retalhos de igrejas estabelecidas e, em alguns locais, violentas guerras religiosas.

A resposta católica, frequentemente chamada de Contrarreforma, esclareceu a doutrina no Concílio de Trento, reformou a educação clerical e lançou novas ordens religiosas. No final do século, o mapa da Europa fora redesenhado segundo linhas confessionais. Os efeitos a longo prazo alcançaram muito para além da Igreja: o nível de literacia aumentou com a leitura da Bíblia, as noções de consciência individual ganharam um novo peso e a ideia de uma única comunidade cristã perdeu força.

O que começou por ser um debate sobre a salvação acabou por reformular a própria cultura europeia.