I 1517 fremlagde en tysk augustinermunk en række akademiske teser om aflad. Inden for et årti var striden udviklet til et kontinentalt brud. Reformationen er navnet på den omvæltning i det sekstende århundrede, der permanent delte den vestlige kristendom i protestantiske og katolske strømninger.

Martin Luthers centrale indsigt var retfærdiggørelse ved tro alene. Gode gerninger og sakramental overholdelse, argumenterede han, kunne ikke opnå en status for Gud; kun tillid til Kristi løfte kunne. Skriften, ikke kirkens læreembede, var den endelige autoritet. Andre reformatorer – Zwingli i Zürich, Calvin i Genève, anabaptisterne forskellige steder – skubbede logikken videre eller i forskellige retninger. Folkesprogsbibler, menighedssang og forenklet gudstjeneste fulgte. Politiske herskere så hurtigt både muligheder og farer; resultatet var et kludetæppe af etablerede kirker og, steder, voldsom religionskrig.

Den katolske reaktion, ofte kaldet modreformationen, præciserede doktrinen ved Trientkoncilet, reformerede præsteuddannelsen og lancerede nye religiøse ordener. Ved slutningen af ​​århundredet var Europakortet blevet omtegnet langs bekendelseslinjer. De langsigtede virkninger nåede langt ud over kirken: læsefærdighederne steg med bibellæsningen, forestillinger om individuel samvittighed fik ny vægt, og ideen om et enkelt kristent samfund forsvandt.

Det, der begyndte som en debat om frelse, blev til en omformning af selve den europæiske kultur.