1517-ben egy német ágostonrendi szerzetes közzétett egy sor tudományos tézist a búcsúkról. Egy évtizeden belül a vita kontinensek közötti szakadássá vált. Reformációnak nevezték azt a tizenhatodik századi felfordulást, amely végleg megosztotta a nyugati kereszténységet protestáns és katolikus irányzatra.

Luther Márton központi gondolata az egyedül hit általi megigazulás volt. A jó cselekedetek és a szentségek megtartása, érvelt, nem szerezhetnek Isten előtti tekintélyt; csak a Krisztus ígéretébe vetett bizalom. A Szentírás, nem pedig az egyház tanítóhivatala a végső tekintély. Más reformátorok – Zwingli Zürichben, Kálvin Genfben, az anabaptisták különböző helyeken – tovább vagy más irányokba vitték a logikát. Ezt követték a népnyelvű Bibliák, a gyülekezeti éneklés és az egyszerűsített istentisztelet. A politikai uralkodók gyorsan felismerték mind a lehetőséget, mind a veszélyt; az eredmény a fennálló egyházak mozaikja, és helyenként heves vallásháború lett.

A katolikus válasz, amelyet gyakran ellenreformációnak is neveznek, tisztázta a tantételeket a tridenti zsinaton, megreformálta a papi oktatást, és új szerzetesrendeket hozott létre. A század végére Európa térképe felekezeti alapon átrajzolódott. A hosszú távú hatások messze túlmutattak az egyházon: az írástudás a Biblia olvasásával fejlődött, az egyéni lelkiismeret fogalmai új súlyt kaptak, és az egységes keresztény közösség gondolata elhalványult.

Ami az üdvösségről szóló vitaként indult, az az európai kultúra átalakításává vált.