V roce 1517 zveřejnil německý augustiniánský mnich soubor akademických tezí o odpustcích. Během deseti let se spor stal kontinentální roztržkou. Reformace je název pro otřes v šestnáctém století, který trvale rozdělil západní křesťanství na protestantský a katolický proud.

Ústředním postřehem Martina Luthera bylo ospravedlnění pouhou vírou. Tvrdil, že dobrými skutky a zachováváním svátostí si nelze získat postavení před Bohem; pouze důvěrou v Kristův zaslíbení. Konečnou autoritou bylo Písmo, nikoli učení církve. Další reformátoři – Zwingli v Curychu, Kalvín v Ženevě, novokřtěnci na různých místech – posunuli logiku dále nebo jinými směry. Následovaly Bible v lidových jazycích, kongregační zpěv a zjednodušené bohoslužby. Političtí vládci rychle viděli jak příležitost, tak i nebezpečí; výsledkem byla směsice zavedených církví a místy i zuřivá náboženská válka.

Katolická reakce, často nazývaná protireformací, vyjasnila nauku na Tridentském koncilu, reformovala duchovní vzdělávání a založila nové řeholní řády. Do konce století byla mapa Evropy překreslena podle konfesních linií. Dlouhodobé dopady sahaly daleko za hranice církve: gramotnost se zvyšovala se čtením Bible, představy o individuálním svědomí získaly novou váhu a myšlenka jediného křesťanského společenství vybledla.

Co začalo jako debata o spáse, se stalo přetvářením samotné evropské kultury.