1517年、ドイツのアウグスティヌス修道士が免罪符に関する一連の学術論文を発表した。それから10年も経たないうちに、この論争は大陸規模の分裂へと発展した。宗教改革とは、16世紀に起こり、西欧キリスト教をプロテスタントとカトリックの二つの潮流に永久に分裂させたこの激動のことである。

マルティン・ルターの中心的な洞察は、信仰のみによる義認であった。善行や聖礼典の遵守では神の前に立つ資格は得られず、キリストの約束への信頼のみがそれを可能にすると彼は主張した。最終的な権威は教会の教導職ではなく、聖書にあるとした。チューリッヒのツヴィングリ、ジュネーブのカルヴァン、各地の再洗礼派など、他の改革者たちはこの論理をさらに推し進めたり、異なる方向へと発展させた。各国語訳聖書、会衆による賛美歌、簡略化された礼拝などがそれに続いた。政治指導者たちは、好機と危険の両方をすぐに察知し、その結果、様々な形態の教会が乱立し、場所によっては激しい宗教戦争が勃発した。

カトリック教会の対応は、しばしば対抗宗教改革と呼ばれ、トレント公会議で教義を明確化し、聖職者教育を改革し、新たな修道会を設立した。世紀末までに、ヨーロッパの地図は宗派ごとに描き直された。その長期的な影響は教会をはるかに超え、聖書の読解によって識字率が向上し、個人の良心の概念が新たな重みを持ち、単一のキリスト教共同体という概念は薄れていった。

救済をめぐる議論として始まったものが、ヨーロッパ文化そのものの再構築へと発展した。