En 1517, un moine augustin allemand publia une série de thèses universitaires sur les indulgences. En moins de dix ans, la controverse dégénéra en une rupture continentale. La Réforme désigne ce bouleversement du XVIe siècle qui divisa définitivement la chrétienté occidentale en deux courants : le protestantisme et le catholicisme.

L'idée centrale de Martin Luther était la justification par la foi seule. Les bonnes œuvres et l'observance des sacrements, affirmait-il, ne pouvaient justifier une approbation divine ; seule la confiance en la promesse du Christ le pouvait. L'Écriture, et non le ministère de l'Église, était l'autorité suprême. D'autres réformateurs – Zwingli à Zurich, Calvin à Genève, les anabaptistes en divers lieux – ont approfondi cette logique ou l'ont orientée dans des directions différentes. Des Bibles en langue vernaculaire, des chants en assemblée et un culte simplifié ont suivi. Les dirigeants politiques ont rapidement perçu à la fois l'opportunité et le danger ; il en a résulté une mosaïque d'Églises établies et, par endroits, de violents conflits religieux.

La réaction catholique, souvent appelée Contre-Réforme, a clarifié la doctrine lors du concile de Trente, réformé la formation cléricale et fondé de nouveaux ordres religieux. À la fin du siècle, la carte de l'Europe s'était trouvée redessinée selon les clivages confessionnels. Les effets à long terme se sont fait sentir bien au-delà de l'Église : l'alphabétisation a progressé grâce à la lecture de la Bible, la notion de conscience individuelle a pris une importance nouvelle et l'idée d'une seule communauté chrétienne s'est estompée.

Ce qui avait commencé comme un débat sur le salut s'est transformé en une refonte de la culture européenne elle-même.