1517 में एक जर्मन ऑगस्टीनियन भिक्षु ने पापमोचन पत्रों के विषय में अकादमिक शोधपत्रों का एक समूह प्रकाशित किया। एक दशक के भीतर ही यह विवाद महाद्वीपीय विभाजन का कारण बन गया। सोलहवीं शताब्दी में हुए उस उथल-पुथल को ही धर्म सुधार आंदोलन कहा जाता है, जिसने पश्चिमी ईसाई धर्म को प्रोटेस्टेंट और कैथोलिक धाराओं में स्थायी रूप से विभाजित कर दिया।

मार्टिन लूथर का मूल विचार केवल विश्वास के द्वारा मुक्ति का था। उनका तर्क था कि अच्छे कर्म और धार्मिक अनुष्ठानों का पालन करने से ईश्वर के समक्ष स्थान प्राप्त नहीं किया जा सकता; केवल मसीह के वादे पर विश्वास ही ऐसा कर सकता है। उनके अनुसार, चर्च के शिक्षण कार्यालय के बजाय पवित्रशास्त्र ही अंतिम अधिकार था। अन्य सुधारकों—ज़्यूरिख में ज़्विंगली, जिनेवा में केल्विन और विभिन्न स्थानों पर एनाबैप्टिस्टों—ने इस तर्क को और आगे बढ़ाया या अलग-अलग दिशाओं में ले गए। स्थानीय भाषाओं में बाइबल का उपयोग, सामूहिक गायन और सरलीकृत उपासना का प्रचलन हुआ। राजनीतिक शासकों ने शीघ्र ही अवसर और खतरे दोनों को पहचान लिया; इसका परिणाम स्थापित चर्चों का एक मिला-जुला स्वरूप और कुछ स्थानों पर भयंकर धार्मिक युद्ध के रूप में सामने आया।

कैथोलिक प्रतिक्रिया, जिसे अक्सर प्रति-सुधार आंदोलन कहा जाता है, ने ट्रेंट परिषद में सिद्धांतों को स्पष्ट किया, पादरी शिक्षा में सुधार किया और नए धार्मिक संगठनों की स्थापना की। शताब्दी के अंत तक यूरोप का नक्शा धार्मिक मान्यताओं के आधार पर पुनर्गठित हो चुका था। इसके दीर्घकालिक प्रभाव चर्च से कहीं अधिक दूरगामी थे: बाइबल पढ़ने से साक्षरता बढ़ी, व्यक्तिगत अंतरात्मा की अवधारणाओं को नया महत्व मिला और एक एकल ईसाई राष्ट्रमंडल का विचार लुप्त हो गया।

मोक्ष को लेकर शुरू हुई बहस अंततः यूरोपीय संस्कृति के पुनर्गठन में तब्दील हो गई।