O código genético é lido em fissuras contínuas. Uma mutação de desfasamento insere ou remove nucleótidos num número não divisível por três, deslocando a fase de leitura de cada códon para jusante. A proteína resultante é geralmente truncada ou contém aminoácidos incorretos.

Mesmo uma inserção ou deleção de uma única base pode destruir a função da proteína. A degradação mediada por nonsense (NMD) degrada frequentemente o RNA mensageiro anormal, levando à perda do produto do gene. As alterações na fase de leitura (frameshifts) são frequentemente mais prejudiciais do que as simples substituições de aminoácidos.

Muitos alelos causadores de doença, incluindo certas mutações nos genes CFTR e distrofina, são mutações de deslocamento de fase. O sequenciamento deteta-as facilmente. Como o efeito é tão disruptivo, as mutações de desfasamento são raramente toleradas em genes essenciais e são fortemente selecionadas negativamente.

• Inserção ou eliminação não divisível por três
• Altera a estrutura de leitura do códon.
• Geralmente produz proteína não funcional
• Geralmente causa perda grave de função.