De genetische code wordt gelezen in aaneengesloten tripletten. Een frameshiftmutatie voegt nucleotiden in of verwijdert ze in een aantal dat niet deelbaar is door drie, waardoor het leesraam van elk codon stroomafwaarts verschuift. Het resulterende eiwit is meestal ingekort of gevuld met onjuiste aminozuren.

Zelfs een enkele baseninsertie of -deletie kan de eiwitfunctie vernietigen. Nonsense-mediated decay breekt vaak het abnormale boodschapper-RNA af, wat leidt tot verlies van het genproduct. Frameshiftmutaties zijn vaak schadelijker dan eenvoudige aminozuursubstituties.

Veel ziekteverwekkende allelen, waaronder bepaalde mutaties in de CFTR- en dystrofinegenen, zijn frameshiftmutaties. Sequentiebepaling detecteert ze gemakkelijk. Omdat het effect zo ontwrichtend is, worden frameshiftmutaties zelden getolereerd in essentiële genen en worden ze sterk geselecteerd.

• Invoeging of verwijdering die niet deelbaar is door drie
• Verschuift het codon-leesraam
• Produceert doorgaans een niet-functioneel eiwit.
• Veroorzaakt vaak ernstig functieverlies.