आनुवंशिक कोड को निरंतर त्रिकों में पढ़ा जाता है। एक फ्रेमशिफ्ट उत्परिवर्तन तीन से अविभाज्य संख्या में न्यूक्लियोटाइड जोड़ता या हटाता है, जिससे प्रत्येक कोडॉन का पठन फ्रेम आगे की ओर स्थानांतरित हो जाता है। परिणामस्वरूप बनने वाला प्रोटीन आमतौर पर छोटा होता है या उसमें गलत अमीनो अम्ल भरे होते हैं।

एक भी बेस का जुड़ना या हटना प्रोटीन के कार्य को नष्ट कर सकता है। नॉनसेंस-मीडिएटेड डीके अक्सर असामान्य मैसेंजर आरएनए को नष्ट कर देता है, जिससे जीन उत्पाद का नुकसान होता है। फ्रेमशिफ्ट अक्सर साधारण अमीनो-एसिड प्रतिस्थापन की तुलना में अधिक हानिकारक होते हैं।

कई रोग उत्पन्न करने वाले एलील, जिनमें CFTR और डिस्ट्रोफिन जीन में कुछ उत्परिवर्तन शामिल हैं, फ्रेमशिफ्ट होते हैं। अनुक्रमण द्वारा इन्हें आसानी से पहचाना जा सकता है। क्योंकि इनका प्रभाव बहुत विघटनकारी होता है, इसलिए आवश्यक जीनों में फ्रेमशिफ्ट उत्परिवर्तनों को शायद ही सहन किया जाता है और इनके विरुद्ध कड़ा चयन होता है।

• तीन से विभाज्य न होने वाला सम्मिलन या विलोपन
• कोडॉन रीडिंग फ्रेम को स्थानांतरित करता है
• आमतौर पर गैर-कार्यात्मक प्रोटीन उत्पन्न करता है
• आमतौर पर गंभीर शारीरिक अक्षमता का कारण बनता है