Ο γενετικός κώδικας διαβάζεται σε συνεχόμενες τριάδες. Μια μετάλλαξη μετατόπισης πλαισίου εισάγει ή διαγράφει νουκλεοτίδια σε έναν αριθμό που δεν διαιρείται με το τρία, μετατοπίζοντας το πλαίσιο ανάγνωσης κάθε κωδικονίου κατάντη. Η πρωτεΐνη που προκύπτει συνήθως είναι περικομμένη ή γεμάτη με λανθασμένα αμινοξέα.

Ακόμη και η εισαγωγή ή η διαγραφή μίας μόνο βάσης μπορεί να καταστρέψει τη λειτουργία της πρωτεΐνης. Η ανοησιογενής αποσύνθεση συχνά αποικοδομεί το ανώμαλο αγγελιοφόρο RNA, οδηγώντας σε απώλεια του γονιδιακού προϊόντος. Οι μετατοπίσεις πλαισίου είναι συχνά πιο επιζήμιες από τις απλές υποκαταστάσεις αμινοξέων.

Πολλά αλληλόμορφα που προκαλούν ασθένειες, συμπεριλαμβανομένων ορισμένων μεταλλάξεων στα γονίδια CFTR και δυστροφίνης, είναι μετατοπίσεις πλαισίου. Η αλληλούχιση τα ανιχνεύει εύκολα. Επειδή το αποτέλεσμα είναι τόσο διαταρακτικό, οι μεταλλάξεις μετατόπισης πλαισίου σπάνια γίνονται ανεκτές σε βασικά γονίδια και επιλέγονται έντονα κατά.

• Η εισαγωγή ή η διαγραφή δεν διαιρείται με το τρία
• Μετατοπίζει το πλαίσιο ανάγνωσης κωδικονίων
• Συνήθως παράγει μη λειτουργική πρωτεΐνη
• Συνήθως προκαλεί σοβαρή απώλεια λειτουργίας