Genetik kod, ardışık üçlüler halinde okunur. Çerçeve kayması mutasyonu, üçe bölünemeyen sayıda nükleotit ekler veya siler ve her kodonun okuma çerçevesini aşağı doğru kaydırır. Ortaya çıkan protein genellikle kısaltılmış veya yanlış amino asitlerle doldurulmuş olur.

Tek bir bazın eklenmesi veya çıkarılması bile protein fonksiyonunu bozabilir. Anlamsız kodon aracılı bozunma, genellikle anormal haberci RNA'yı parçalayarak gen ürününün kaybına yol açar. Çerçeve kaymaları, genellikle basit amino asit değişimlerinden daha zararlıdır.

CFTR ve distrofin genlerindeki bazı mutasyonlar da dahil olmak üzere birçok hastalığa neden olan alel, çerçeve kayması mutasyonlarıdır. Dizileme yöntemleriyle kolayca tespit edilebilirler. Etkisi çok yıkıcı olduğu için, çerçeve kayması mutasyonları temel genlerde nadiren tolere edilir ve güçlü bir şekilde elenirler.

• Ekleme veya silme işlemi üçe bölünemez.
• Kodon okuma çerçevesini değiştirir.
• Genellikle işlevsiz protein üretir.
• Genellikle ciddi fonksiyon kaybına neden olur.