W przypadku manualnej skrzyni biegów za wybór biegu odpowiada kierowca. Pedał sprzęgła odłącza silnik od skrzyni biegów, dźwignia przełącza się między przełożeniami, a kierowca zwalnia sprzęgło, aby ponownie włączyć moc. Koordynacja wymaga praktyki. Po jej opanowaniu staje się automatyczna.

Manualne skrzynie biegów były standardem przez większość historii motoryzacji. Są prostsze, lżejsze i tańsze w produkcji niż automatyczne. W Europie i większości krajów świata pozostają powszechne. W Stanach Zjednoczonych dominują obecnie automatyczne skrzynie biegów, a odsetek manualnych skrzyń biegów spadł poniżej dwóch procent w nowych samochodach.

Dlaczego kierowcy nadal wybierają manualną skrzynię biegów

• Niższa cena zakupu i koszty napraw.
• Bardziej bezpośrednia kontrola nad dostarczaniem energii.
• Lepsza oszczędność paliwa w niektórych starszych konstrukcjach.
• Zaangażowanie dla miłośników motoryzacji.

Samochody elektryczne nie mają biegów do zmiany biegów, co zagraża długoterminowej przyszłości skrzyni manualnej. Na razie, dla upartej mniejszości nabywców, krótkie skoki dźwigni zmiany biegów i dobrze wyważone sprzęgło wciąż definiują wrażenia z jazdy.