適切な栄養分、光、温度の組み合わせが揃うと、微細藻類は急速に増殖し、水の色を変色させることがあります。こうした現象を藻類ブルームと呼びます。藻類ブルームの中には無害なものや有益なものもありますが、高密度に増殖した藻類が死滅・分解する際に毒素を放出したり、酸素を枯渇させたりするものもあります。

農業排水や下水が流入する沿岸海域は、特に藻類の異常繁殖が発生しやすい。海水温の上昇や海流の変化も、特定の種の繁殖を促進する可能性がある。衛星センサーは藻類特有の色の変化を検知し、有毒種が優勢になった場合には、関係機関が貝類の採取禁止や海水浴場の閉鎖などの警告を発することができる。

すべての藻類の異常繁殖が「赤潮」というわけではないが、この用語はしばしばあらゆる目立つ現象に対して安易に用いられる。長期的な対策としては、栄養塩の流入を管理することが最も効果的である。短期的な対応としては、人間の健康と海洋生物の両方を保護するために、モニタリングと一般市民への情報提供に重点を置く。

たった一輪の花が咲くだけで、澄んだ湾が数日のうちに濁り、悪臭を放つ広大な空間へと変貌してしまうことがある。