खमीर एककोशिकीय कवक है, और इसी के कारण रोटी फूलती है। बेकिंग और शराब बनाने में इस्तेमाल होने वाली सैकरोमाइसिस सेरेविसी नामक कवक चीनी को खाकर कार्बन डाइऑक्साइड और अल्कोहल उत्पन्न करती है। आटे में, यह गैस ग्लूटेन नेटवर्क में फंस जाती है और उसे फुला देती है। बीयर बनाने के बर्तन में, अल्कोहल स्थिर रहता है। एक ही जीव ये दोनों काम करता है। यह हजारों वर्षों से मनुष्यों के लिए काम कर रहा है, उस समय से बहुत पहले जब किसी को इसके बारे में पता भी नहीं था।

बेकर कई तरह के खमीर का इस्तेमाल करते हैं। ताज़ा खमीर, जिसे केक खमीर भी कहते हैं, एक दबा हुआ ब्लॉक होता है जिसे रेफ्रिजरेटर में रखना और जल्दी इस्तेमाल करना ज़रूरी होता है। एक्टिव ड्राई खमीर सूखा और निष्क्रिय होता है, और इस्तेमाल से पहले इसे गर्म पानी में भिगोकर फिर से सक्रिय करना पड़ता है। इंस्टेंट खमीर बारीक पिसा हुआ होता है और इसे सीधे सूखी सामग्री में मिलाया जा सकता है। हर खमीर की अपनी कुछ खासियतें होती हैं, लेकिन ये सभी एक ही तरीके से सक्रिय होते हैं: गर्मी, नमी और चीनी।

तापमान ही सब कुछ नियंत्रित करता है। 60 डिग्री सेल्सियस से अधिक तापमान पर पानी खमीर को नष्ट कर देता है। लगभग 20 डिग्री सेल्सियस से कम तापमान पर इसकी गतिविधि बहुत धीमी हो जाती है। अधिकांश आटे के लिए आदर्श तापमान 24 से 27 डिग्री सेल्सियस होता है। अधिक नमक खमीर को बढ़ने से रोकता है। अधिक चीनी खमीर को सुखा सकती है। एक बेकर आटे को पढ़ना सीखता है: आटा जीवंत, लचीला और हल्का गर्म होना चाहिए। यदि इसे बहुत देर तक रखा जाए, तो खमीर अपना भोजन समाप्त कर देता है और आटा बैठ जाता है। समय ही सब कुछ है।