تعيش بعض الأنواع في كل مكان، بينما تعيش أنواع أخرى في مكان واحد فقط. هذه هي الأنواع المستوطنة، التي توجد بشكل طبيعي في منطقة محددة واحدة. قد تكون هذه المنطقة واسعة، كقارة، أو صغيرة، كقمة جبل أو كهف. يشيع الاستيطان في الجزر والبحيرات المعزولة وقمم الجبال حيث انفصلت التجمعات السكانية لفترة كافية لتتطور إلى أشكال متميزة. تُعد مدغشقر مثالًا كلاسيكيًا، إذ لا يوجد حوالي 90% من حيواناتها البرية في أي مكان آخر على وجه الأرض، بما في ذلك جميع أنواع الليمور ومعظم أنواع الأوركيد.

غالبًا ما تكون الأنواع المستوطنة عرضة للخطر. فمحدودية نطاق انتشارها تعني أن تهديدًا واحدًا، كإعصار أو حريق أو حيوان مفترس غازي، كفيلٌ بالقضاء عليها. تطورت أنواع الجزر دون وجود العديد من الحيوانات المفترسة في البر الرئيسي، وغالبًا ما تفتقر إلى وسائل الدفاع. انقرض طائر الدودو، وهو طائر لا يطير مستوطن في موريشيوس، في غضون قرن من وصول الإنسان. ولا يزال فقدان الموائل وتغير المناخ والأنواع الدخيلة تُهدد الأنواع المستوطنة حتى اليوم. وحمايتها تعني عادةً حماية المكان المحدد الذي تعيش فيه، مما يجعل الحفاظ عليها شأنًا محليًا بقدر ما هو عالمي.

حيث يكون معدل التوطن مرتفعاً

• الجزر: مدغشقر، هاواي، غالاباغوس.
• البحيرات القديمة: بحيرة بايكال، بحيرة ملاوي.
• قمم الجبال: جزر سماوية في جبال روكي وجبال الأنديز.
• كهوف وينابيع معزولة.

الأنواع المستوطنة لا يمكن تعويضها. فإذا اختفت، فإنها تختفي في كل مكان، وليس فقط محلياً.