沿海生態系統，例如紅樹林、海草床和鹽沼，會以遠超陸地森林的速度將有機碳埋藏在土壤中。這種儲存的碳稱為藍碳。由於沉積物常年處於水飽和狀態且氧氣含量低，分解速度緩慢，碳可以封存數百年之久。

因此，保護和恢復這些棲息地具有雙重益處：既能保護生物多樣性，又能減緩氣候變遷。當生態系退化時，儲存的碳會以二氧化碳的形式釋放回大氣中。準確核算藍碳儲量正逐漸成為國家氣候戰略和碳市場計畫的重要組成部分。

研究重點在於測量碳埋藏速率，了解碳離開沿海地區後的去向，並量化海岸保護和漁業支持的額外效益。藍碳計畫若能同時解決導致棲息地喪失的當地社會和經濟因素，則效果最為顯著。

健康的海草床可以年復一年地在其沉積物中累積碳，而表面幾乎沒有可見的變化。