تُخزّن النظم البيئية الساحلية، كأشجار المانغروف ومروج الأعشاب البحرية والمستنقعات المالحة، الكربون العضوي في تربتها بمعدلات تفوق في كثير من الأحيان معدلات تخزينه في الغابات البرية. يُعرف هذا الكربون المُخزّن بالكربون الأزرق. ولأن الرواسب تبقى مشبعة بالماء وفقيرة بالأكسجين، فإن عملية التحلل بطيئة، وقد يبقى الكربون مُخزّناً لقرون.

لذا، فإن حماية هذه الموائل واستعادتها توفر فائدة مزدوجة: الحفاظ على التنوع البيولوجي والتخفيف من آثار تغير المناخ. فعندما تتدهور النظم البيئية، يمكن إطلاق الكربون المخزن فيها إلى الغلاف الجوي على شكل ثاني أكسيد الكربون. ويُعدّ التقييم الدقيق لمخزونات الكربون الأزرق جزءًا لا يتجزأ من الاستراتيجيات المناخية الوطنية ومشاريع سوق الكربون.

يركز البحث على قياس معدلات الدفن، وفهم مصير الكربون بعد مغادرته المنطقة الساحلية، وتحديد الفوائد الإضافية لحماية السواحل ودعم مصائد الأسماك. وتكون مبادرات الكربون الأزرق أكثر فعالية عندما تعالج أيضاً العوامل الاجتماعية والاقتصادية المحلية التي تؤدي إلى فقدان الموائل.

يمكن لمرج الأعشاب البحرية الصحي أن يتراكم الكربون في رواسبه عامًا بعد عام مع تغير طفيف غير مرئي على السطح.