Les écosystèmes côtiers, tels que les mangroves, les herbiers marins et les marais salants, enfouissent le carbone organique dans leurs sols à des taux souvent supérieurs à ceux des forêts terrestres. Ce carbone stocké est appelé carbone bleu. Comme les sédiments restent gorgés d'eau et pauvres en oxygène, la décomposition est lente et le carbone peut demeurer piégé pendant des siècles.

La protection et la restauration de ces habitats présentent donc un double avantage : la conservation de la biodiversité et l’atténuation du changement climatique. Lorsque les écosystèmes se dégradent, le carbone stocké peut être libéré dans l’atmosphère sous forme de dioxyde de carbone. La comptabilisation précise des stocks de carbone bleu est désormais intégrée aux stratégies climatiques nationales et aux projets de marché du carbone.

Les recherches portent sur la mesure des taux d'enfouissement, la compréhension du devenir du carbone une fois qu'il quitte la zone côtière et la quantification des avantages supplémentaires de la protection côtière et du soutien à la pêche. Les initiatives liées au carbone bleu sont plus efficaces lorsqu'elles prennent également en compte les facteurs socio-économiques locaux qui contribuent à la perte d'habitats.

Une prairie marine en bonne santé peut accumuler du carbone dans ses sédiments année après année, sans changement visible notable en surface.