利用電場可以分離不同長度的DNA片段。凝膠電泳將帶電分子拉過多孔凝膠基質；較小的片段比大的片段遷移得更快。最終形成一系列條帶，這些條帶揭示了樣品中存在的片段大小。

瓊脂糖凝膠用於分離較大的DNA片段；聚丙烯醯胺凝膠則用於分離較小的片段。 DNA以螢光染料或染色劑進行顯色。透過與分子量標準進行比較，可以估算片段長度。該技術是限制性酶切圖譜建構、PCR分析和定序文庫品質控制的基礎。

儘管在高通量實驗中，毛細管電泳和微流控技術已基本取代了平板凝膠電泳，但它仍然是一種簡單、經濟的教學和科研工具。合適的電壓、凝膠濃度和運行時間決定了分辨率。該方法是分子生物學實驗室的基礎技術。

• 按大小分離DNA片段
• 利用電場和多孔凝膠
• 較小的碎片傳播得更遠。
• 利用螢光染料進行可視化