DNA-Fragmente unterschiedlicher Länge lassen sich mithilfe eines elektrischen Feldes trennen. Bei der Gelelektrophorese werden geladene Moleküle durch eine poröse Gelmatrix gezogen; kleinere Fragmente wandern dabei schneller als größere. Das Ergebnis ist eine Reihe von Banden, die Aufschluss über die Größe der in einer Probe vorhandenen Fragmente geben.

Agarosegele werden für größere DNA-Fragmente verwendet; Polyacrylamidgele trennen kleinere Fragmente auf. Die DNA wird mit Fluoreszenzfarbstoffen sichtbar gemacht. Der Vergleich mit einem Größenstandard ermöglicht die Abschätzung der Fragmentlänge. Die Technik ist Grundlage für Restriktionskartierung, PCR-Analyse und die Qualitätskontrolle von Sequenzierungsbibliotheken.

Obwohl die Plattengelelektrophorese für Hochdurchsatzanalysen weitgehend durch Kapillar- und Mikrofluidikmethoden ersetzt wurde, bleibt sie ein einfaches und kostengünstiges Lehr- und Forschungsinstrument. Die Auflösung hängt von der korrekten Spannung, der Gelkonzentration und der Laufzeit ab. Die Methode ist in molekularbiologischen Laboren von grundlegender Bedeutung.

• Trennt DNA-Fragmente nach ihrer Größe
• Nutzt ein elektrisches Feld und poröses Gel
• Kleinere Fragmente legen weitere Strecken zurück.
• Visualisierung mit fluoreszierenden Farbstoffen