Fragmenty DNA různých délek lze oddělit elektrickým polem. Gelová elektroforéza protahuje nabité molekuly skrz porézní gelovou matrici; menší fragmenty migrují rychleji než větší. Výsledkem je série pásů, které odhalují velikosti přítomné ve vzorku.

Agarózové gely se používají pro větší kousky DNA; polyakrylamidové gely rozlišují menší fragmenty. DNA se vizualizuje fluorescenčními barvivy nebo mořidly. Porovnání s velikostním standardem umožňuje odhad délky fragmentu. Tato technika je základem restrikčního mapování, PCR analýzy a kontroly kvality sekvenačních knihoven.

Přestože byla elektroforéza na slabovém gelu do značné míry nahrazena kapilárními a mikrofluidními metodami pro vysoce výkonnou práci, zůstává jednoduchým a levným nástrojem pro výuku a výzkum. Rozlišení určuje správné napětí, koncentrace gelu a doba měření. Tato metoda je základem v laboratořích molekulární biologie.

• Odděluje fragmenty DNA podle velikosti
• Používá elektrické pole a porézní gel
• Menší fragmenty se dostanou dále
• Vizualizováno fluorescenčními barvivy