Fragmenty DNA o różnej długości można rozdzielić za pomocą pola elektrycznego. Elektroforeza żelowa przeciąga naładowane cząsteczki przez porowatą matrycę żelową; mniejsze fragmenty migrują szybciej niż większe. Rezultatem jest seria pasm, które ujawniają rozmiary obecne w próbce.

Żele agarozowe służą do analizy większych fragmentów DNA; żele poliakrylamidowe umożliwiają rozdzielenie mniejszych fragmentów. DNA jest wizualizowane za pomocą barwników fluorescencyjnych. Porównanie ze standardem wielkości pozwala na oszacowanie długości fragmentu. Technika ta stanowi podstawę mapowania restrykcyjnego, analizy PCR i kontroli jakości bibliotek sekwencjonowania.

Chociaż w dużej mierze zastąpiona metodami kapilarnymi i mikroprzepływowymi w przypadku prac o wysokiej przepustowości, elektroforeza płytowo-żelowa pozostaje prostym i niedrogim narzędziem dydaktycznym i badawczym. Odpowiednie napięcie, stężenie żelu i czas trwania procesu decydują o rozdzielczości. Metoda ta jest podstawą w laboratoriach biologii molekularnej.

• Rozdziela fragmenty DNA według rozmiaru
• Wykorzystuje pole elektryczne i porowaty żel
• Mniejsze fragmenty podróżują dalej
• Wizualizacja za pomocą barwników fluorescencyjnych