DNA-fragmenter af forskellig længde kan adskilles med et elektrisk felt. Gelelektroforese trækker ladede molekyler gennem en porøs gelmatrix; mindre fragmenter migrerer hurtigere end større. Resultatet er en række bånd, der afslører størrelserne i en prøve.

Agarosegeler bruges til større DNA-stykker; polyacrylamidgeler adskiller mindre fragmenter. DNA visualiseres med fluorescerende farvestoffer eller farvninger. Sammenligning med en størrelsesstandard muliggør estimering af fragmentlængde. Teknikken understøtter restriktionskortlægning, PCR-analyse og kvalitetskontrol af sekventeringsbiblioteker.

Selvom slab-gel elektroforese i vid udstrækning er erstattet af kapillær- og mikrofluidiske metoder til højkapacitetsarbejde, er den stadig et simpelt og billigt undervisnings- og forskningsværktøj. Korrekt spænding, gelkoncentration og køretid bestemmer opløsningen. Metoden er grundlæggende i molekylærbiologiske laboratorier.

• Adskiller DNA-fragmenter efter størrelse
• Bruger elektrisk felt og porøs gel
• Mindre fragmenter rejser længere
• Visualiseret med fluorescerende farvestoffer