長さの異なるDNA断片は、電場によって分離することができる。ゲル電気泳動では、電荷を帯びた分子が多孔質のゲルマトリックスを通過する。小さな断片は大きな断片よりも速く移動する。その結果、試料中に存在する断片のサイズを示す一連のバンドが得られる。

アガロースゲルはより大きなDNA断片の分離に用いられ、ポリアクリルアミドゲルはより小さな断片の分離に用いられる。DNAは蛍光色素または染色剤で可視化される。サイズ標準との比較により、断片長を推定することができる。この技術は、制限酵素マッピング、PCR解析、およびシーケンスライブラリーの品質管理の基礎となる。

ハイスループット作業においては、毛細管法やマイクロ流体法が主流となっているものの、平板ゲル電気泳動は依然として簡便で安価な教育・研究ツールとして用いられている。適切な電圧、ゲル濃度、泳動時間によって分解能が決まる。この方法は分子生物学研究室において基礎的な手法である。

• DNA断片をサイズ別に分離する
• 電場と多孔質ゲルを使用
• 小さな破片はより遠くまで飛ぶ
• 蛍光色素で可視化