A különböző hosszúságú DNS-fragmensek elektromos térrel elválaszthatók. A gélelektroforézis a töltéssel rendelkező molekulákat egy porózus gélmátrixon húzza át; a kisebb fragmensek gyorsabban vándorolnak, mint a nagyobbak. Az eredmény egy sor sáv, amely felfedi a mintában lévő méreteket.

Az agaróz géleket nagyobb DNS-darabokhoz használják; a poliakrilamid gélek a kisebb fragmenseket oldják fel. A DNS-t fluoreszcens festékekkel vagy foltokkal jelenítik meg. A méretstandarddal való összehasonlítás lehetővé teszi a fragmensek hosszának becslését. A technika a restrikciós térképezés, a PCR-analízis és a szekvenáló könyvtárak minőségellenőrzésének alapját képezi.

Bár a nagy áteresztőképességű munkákhoz nagyrészt kapilláris és mikrofluidikai módszerek váltották fel, a gélelektroforézis továbbra is egyszerű és olcsó oktatási és kutatási eszköz. A felbontást a megfelelő feszültség, a gélkoncentráció és a futási idő határozza meg. A módszer alapvető fontosságú a molekuláris biológiai laboratóriumokban.

• A DNS-fragmenteket méret szerint választja szét
• Elektromos mezőt és porózus gélt használ
• A kisebb töredékek messzebbre jutnak
• Fluoreszcens festékekkel vizualizálva