DNA-fragmenter av ulik lengde kan separeres med et elektrisk felt. Gelelektroforese trekker ladede molekyler gjennom en porøs gelmatrise; mindre fragmenter migrerer raskere enn større. Resultatet er en serie bånd som avslører størrelsene som er tilstede i en prøve.

Agarosegeler brukes til større DNA-biter; polyakrylamidgeler skiller mindre fragmenter. DNA visualiseres med fluorescerende fargestoffer eller flekker. Sammenligning med en størrelsesstandard muliggjør estimering av fragmentlengde. Teknikken ligger til grunn for restriksjonskartlegging, PCR-analyse og kvalitetskontroll av sekvenseringsbiblioteker.

Selv om den i stor grad er erstattet av kapillær- og mikrofluidiske metoder for arbeid med høy gjennomstrømning, er slab-gel-elektroforese fortsatt et enkelt og rimelig undervisnings- og forskningsverktøy. Riktig spenning, gelkonsentrasjon og kjøretid bestemmer oppløsningen. Metoden er grunnleggende i molekylærbiologiske laboratorier.

• Separerer DNA-fragmenter etter størrelse
• Bruker elektrisk felt og porøs gel
• Mindre fragmenter reiser lenger
• Visualisert med fluorescerende fargestoffer