DNA-fragmenten van verschillende lengtes kunnen met behulp van een elektrisch veld van elkaar worden gescheiden. Gelelektroforese trekt geladen moleculen door een poreuze gelmatrix; kleinere fragmenten migreren sneller dan grotere. Het resultaat is een reeks banden die de groottes van de fragmenten in een monster weergeven.

Agarosegels worden gebruikt voor grotere DNA-fragmenten; polyacrylamidegels scheiden kleinere fragmenten. DNA wordt zichtbaar gemaakt met fluorescerende kleurstoffen. Vergelijking met een grootte-standaard maakt het mogelijk om de fragmentlengte te schatten. De techniek vormt de basis voor restrictie-mapping, PCR-analyse en kwaliteitscontrole van sequentiebibliotheken.

Hoewel plaatgelelektroforese grotendeels is vervangen door capillaire en microfluïdische methoden voor high-throughput onderzoek, blijft het een eenvoudige en goedkope methode voor onderwijs en onderzoek. De resolutie wordt bepaald door de juiste spanning, gelconcentratie en looptijd. De methode is fundamenteel voor moleculairbiologische laboratoria.

• Scheidt DNA-fragmenten op grootte.
• Maakt gebruik van een elektrisch veld en poreuze gel.
• Kleinere fragmenten leggen een grotere afstand af.
• Zichtbaar gemaakt met fluorescerende kleurstoffen