微生物是指肉眼無法直接觀察到的微小生物，例如細菌、古菌、真菌、原生動物和某些藻類。一茶匙健康的土壤中可能含有數十億微生物，它們的活動對農民的日常工作至關重要。

土壤微生物分解有機物，釋放出植物可以吸收的氮、磷和硫。有些微生物則能固定空氣中的氮，溶解磷酸鹽，或促進根系生長。還有一些是病原體。微生物群落的平衡至關重要。富含多種微生物的土壤比經過燻蒸或過度施肥的土壤更能抑制病害。

它們在最重要的地方

• 分解作用與養分循環
• 豆科植物根瘤中的固氮作用
• 菌根與根系的共生關係
• 抑制病害和形成土壤結構

微生物對管理措施反應迅速。耕作、燻蒸和過度使用合成氮肥都會改變微生物群落。覆蓋作物、堆肥和減少擾動有助於重建微生物群落，但其具體機制仍在研究中。