Un microbe est un organisme trop petit pour être vu à l'œil nu : bactéries, archées, champignons, protozoaires et certaines algues. Une simple cuillère à café de terre saine peut en contenir des milliards, et leur activité influence fortement les préoccupations des agriculteurs.

Les micro-organismes du sol décomposent la matière organique, libérant ainsi de l'azote, du phosphore et du soufre sous des formes assimilables par les plantes. D'autres fixent l'azote atmosphérique, solubilisent le phosphate ou favorisent la croissance racinaire. Certains sont pathogènes. L'équilibre de cette biodiversité est essentiel. Un sol riche en vie microbienne diversifiée tend à mieux lutter contre les maladies qu'un sol traité par fumigation ou surfertilisation.

Là où ils comptent le plus

• Décomposition et cycle des nutriments
• Fixation de l'azote dans les nodules des légumineuses
• Partenariats mycorhiziens avec les racines
• Suppression des maladies et formation de la structure du sol

Les micro-organismes réagissent rapidement aux pratiques de gestion. Le labour, la fumigation et le recours excessif à l'azote de synthèse perturbent tous la communauté microbienne. Les cultures de couverture, le compost et la réduction des perturbations tendent à la reconstituer, même si les mécanismes précis restent encore à élucider.