Een micro-organisme is elk organisme dat te klein is om zonder microscoop te zien: bacteriën, archaea, schimmels, protozoa en sommige algen. Een theelepel gezonde grond kan miljarden van deze organismen bevatten, en hun activiteiten bepalen voor een groot deel wat boeren belangrijk vinden.

Bodemmicroben breken organisch materiaal af, waarbij stikstof, fosfor en zwavel vrijkomen in vormen die planten kunnen opnemen. Andere microben binden stikstof uit de lucht, maken fosfaat oplosbaar of bevorderen de wortelgroei. Sommige zijn ziekteverwekkers. Het evenwicht is belangrijk. Een bodem rijk aan diverse microbiële levensvormen onderdrukt ziekten doorgaans beter dan een bodem die is ontsmet of overbemest.

Waar ze er het meest toe doen

• Ontbinding en nutriëntenkringloop
• Stikstofbinding in wortelknobbeltjes van peulvruchten
• Mycorrhiza-partnerschappen met wortels
• Ziektebestrijding en bodemstructuurvorming

Microben reageren snel op beheersmaatregelen. Bodembewerking, bodemontsmetting en overmatig gebruik van synthetische stikstof veranderen de samenstelling van de microbiële gemeenschap. Groenbemesters, compost en minder verstoring dragen bij aan de wederopbouw, hoewel de precieze werking hiervan nog in ontwikkeling is.