Mikroorganizma, mikroskop olmadan görülemeyecek kadar küçük olan herhangi bir organizmadır: bakteri, arkea, mantar, protozoa ve bazı algler. Bir çay kaşığı sağlıklı toprak milyarlarca mikroorganizma barındırabilir ve faaliyetleri çiftçilerin önem verdiği birçok konuyu yönlendirir.

Toprak mikropları organik maddeyi parçalayarak bitkilerin alabileceği formlarda azot, fosfor ve kükürt açığa çıkarır. Bazıları havadan azot bağlar, fosfatı çözünürleştirir veya kök gelişimini destekler. Bazıları ise patojendir. Denge önemlidir. Çeşitli mikrobiyal yaşam açısından zengin bir toprak, ilaçlanmış veya aşırı gübrelenmiş bir toprağa göre hastalıkları daha iyi bastırma eğilimindedir.

En çok önem taşıdıkları yer

• Ayrışma ve besin döngüsü
• Baklagil nodüllerinde azot fiksasyonu
• Köklerle mikorizal ortaklıklar
• Hastalıkların bastırılması ve toprak yapısının oluşumu

Mikroorganizmalar yönetime hızla yanıt verir. Toprak işleme, fümigasyon ve sentetik azotun aşırı kullanımı, mikroorganizma topluluğunu değiştirir. Örtü bitkileri, kompost ve azaltılmış müdahale, topluluğu yeniden oluşturma eğilimindedir, ancak bunun tam olarak nasıl gerçekleştiğine dair bilimsel çalışmalar hala gelişmektedir.