微生物是指肉眼无法直接观察到的微小生物，例如细菌、古菌、真菌、原生动物和某些藻类。一茶匙健康的土壤中就可能含有数十亿微生物，它们的活动对农民的日常工作至关重要。

土壤微生物分解有机物，释放出植物可以吸收的氮、磷和硫。有些微生物则能固定空气中的氮，溶解磷酸盐，或促进根系生长。还有一些是病原体。微生物群落的平衡至关重要。富含多种微生物的土壤比经过熏蒸或过度施肥的土壤更能抑制病害。

它们在最重要的地方

• 分解作用和养分循环
• 豆科植物根瘤中的固氮作用
• 菌根与根系的共生关系
• 抑制病害和形成土壤结构

微生物对管理措施反应迅速。耕作、熏蒸和过度使用合成氮肥都会改变微生物群落。覆盖作物、堆肥和减少扰动有助于重建微生物群落，但其具体机​​制仍在研究中。