الميكروب هو أي كائن حي صغير جدًا بحيث لا يُرى بالعين المجردة: البكتيريا، والعتائق، والفطريات، والأوليات، وبعض أنواع الطحالب. ويمكن لملعقة صغيرة واحدة من التربة الصحية أن تحتوي على مليارات منها، وتؤثر أنشطتها بشكل كبير على ما يهتم به المزارعون.

تقوم الكائنات الحية الدقيقة في التربة بتحليل المواد العضوية، مطلقةً النيتروجين والفوسفور والكبريت بأشكالٍ يسهل على النباتات امتصاصها. بينما تقوم كائنات أخرى بتثبيت النيتروجين من الهواء، وإذابة الفوسفات، أو تعزيز نمو الجذور. وبعضها الآخر ممرض. يُعدّ التوازن بين هذه الكائنات بالغ الأهمية. فالتربة الغنية بتنوع الكائنات الحية الدقيقة تميل إلى مقاومة الأمراض بشكل أفضل من التربة التي خضعت للتبخير أو الإفراط في التسميد.

حيثما يكونون أكثر أهمية

• التحلل ودورة المغذيات
• تثبيت النيتروجين في عقيدات البقوليات
• شراكات الفطريات الجذرية مع الجذور
• مكافحة الأمراض وتكوين بنية التربة

تستجيب الكائنات الدقيقة بسرعة للإدارة. فالحراثة والتبخير والإفراط في استخدام النيتروجين الاصطناعي كلها عوامل تُغير من تركيبة هذه الكائنات. بينما تُساهم المحاصيل الغطائية والسماد العضوي وتقليل الاضطراب في إعادة بنائها، على الرغم من أن العلم الذي يُحدد كيفية حدوث ذلك بدقة لا يزال قيد التطوير.