सूक्ष्मदर्शी के बिना न दिखाई देने वाले किसी भी जीव को सूक्ष्मजीव कहा जाता है: जीवाणु, आर्किया, कवक, प्रोटोजोआ और कुछ शैवाल। एक चम्मच स्वस्थ मिट्टी में अरबों सूक्ष्मजीव हो सकते हैं, और उनकी गतिविधियाँ ही किसानों के लिए बहुत मायने रखती हैं।

मिट्टी में मौजूद सूक्ष्मजीव कार्बनिक पदार्थों का अपघटन करते हैं, जिससे नाइट्रोजन, फास्फोरस और सल्फर ऐसे रूपों में मुक्त होते हैं जिन्हें पौधे ग्रहण कर सकते हैं। कुछ सूक्ष्मजीव हवा से नाइट्रोजन को स्थिर करते हैं, फास्फेट को घुलनशील बनाते हैं या जड़ों के विकास को बढ़ावा देते हैं। कुछ सूक्ष्मजीव रोगजनक होते हैं। संतुलन महत्वपूर्ण है। विविध सूक्ष्मजीवों से भरपूर मिट्टी, धूमन या अत्यधिक उर्वरक वाली मिट्टी की तुलना में रोगों को बेहतर ढंग से नियंत्रित करती है।

जहां वे सबसे ज्यादा मायने रखते हैं

• अपघटन और पोषक तत्व चक्रण
• दलहनी पौधों की जड़ों में नाइट्रोजन स्थिरीकरण
• जड़ों के साथ माइकोराइज़ल साझेदारी
• रोग नियंत्रण और मृदा संरचना निर्माण

सूक्ष्मजीव प्रबंधन के प्रति तेजी से प्रतिक्रिया करते हैं। जुताई, धूमन और कृत्रिम नाइट्रोजन का अत्यधिक उपयोग, ये सभी सूक्ष्मजीवों के समुदाय को प्रभावित करते हैं। आवरण फसलें, खाद और कम व्यवधान से इनका पुनर्निर्माण होता है, हालांकि यह प्रक्रिया किस प्रकार होती है, इस बारे में वैज्ञानिक शोध अभी भी जारी है।