Khi các nhà lãnh đạo tôn giáo trực tiếp cai trị hoặc khi luật pháp được xây dựng dựa trên giáo lý tôn giáo mà không có sự can thiệp của thế tục, hệ thống đó là chế độ thần quyền. Lãnh đạo chính trị và tôn giáo được hợp nhất hoặc liên kết chặt chẽ với nhau.

Các chế độ thần quyền trong lịch sử bao gồm một số thời kỳ cai trị của Giáo hoàng và Geneva của Calvin. Các ví dụ đương đại hoặc một phần ví dụ xuất hiện, trong đó các cơ quan giáo sĩ nắm quyền phủ quyết đối với luật pháp và các chức vụ công. Các tuyên bố về chế độ thần quyền dựa trên thẩm quyền thiêng liêng chứ không chỉ dựa trên sự đồng thuận của dân chúng hoặc quyền thừa kế.

Các chế độ thần quyền hạn chế sự bất đồng chính kiến ​​về tôn giáo và thường điều chỉnh hành vi cá nhân theo luật lệ thiêng liêng. Chúng có thể tạo ra sự gắn kết xã hội mạnh mẽ giữa những người tin đạo, đồng thời tạo ra xung đột với những người không tin đạo và với những kỳ vọng hiện đại về quyền cá nhân. Quá trình chuyển đổi khỏi chế độ thần quyền thường gây tranh cãi vì nó thách thức không chỉ các thể chế chính trị mà còn cả các nguồn gốc tối cao của tính hợp pháp.

Trong một chế độ thần quyền, việc thách thức người cai trị có thể được coi là thách thức chính trật tự thần thánh.