عندما تحكم السلطات الدينية بشكل مباشر، أو عندما يُستمد القانون صراحةً من العقيدة الدينية دون أي تدخل من السلطات المدنية، يكون النظام ثيوقراطياً. وتندمج القيادة السياسية والروحية أو تتقاربان بشكل وثيق.

تشمل الأنظمة الثيوقراطية التاريخية فترات معينة من الحكم البابوي وجنيف في عهد كالفن. وتظهر أمثلة معاصرة، أو أمثلة جزئية، حيث تتمتع الهيئات الدينية بحق النقض على التشريعات والمناصب العامة. وتستند المزاعم الثيوقراطية إلى السلطة الإلهية لا إلى الرضا الشعبي أو الحق الوراثي وحده.

تُقيّد الأنظمة الثيوقراطية المعارضة الدينية، وغالبًا ما تُنظّم السلوك الشخصي وفقًا للشريعة المقدسة. ويمكنها أن تُوفّر تماسكًا اجتماعيًا قويًا بين المؤمنين، بينما تُثير في الوقت نفسه صراعًا مع غير المؤمنين ومع التوقعات الحديثة للحقوق الفردية. وعادةً ما تكون التحولات من الحكم الثيوقراطي مثيرة للجدل، لأنها لا تُشكّك في الترتيبات السياسية فحسب، بل في المصادر النهائية للشرعية.

في النظام الثيوقراطي، يمكن اعتبار تحدي الحاكم بمثابة تحدي للنظام الإلهي نفسه.