Lorsque les autorités religieuses gouvernent directement ou lorsque la loi découle explicitement de la doctrine religieuse sans intervention du pouvoir séculier, le système est une théocratie. Le pouvoir politique et le pouvoir spirituel y sont fusionnés ou étroitement liés.

Les théocraties historiques comprennent certaines périodes de domination papale et la Genève de Calvin. On trouve des exemples contemporains, ou des exemples partiels, où des instances cléricales détiennent un droit de veto sur les lois et les fonctions publiques. Le fondement théocratique repose sur l'autorité divine plutôt que sur le seul consentement populaire ou le droit héréditaire.

Les théocraties restreignent la dissidence religieuse et réglementent souvent la conduite personnelle selon la loi sacrée. Elles peuvent assurer une forte cohésion sociale entre les croyants, tout en engendrant des conflits avec les non-croyants et en contradiction avec les conceptions modernes des droits individuels. Les transitions hors du régime théocratique sont généralement conflictuelles car elles remettent en cause non seulement l'organisation politique, mais aussi les fondements mêmes de la légitimité.

Dans une théocratie, contester le dirigeant peut être perçu comme une contestation de l'ordre divin lui-même.