Quando as autoridades religiosas governam directamente ou quando a lei é explicitamente derivada da doutrina religiosa sem qualquer suporte secular, o sistema é uma teocracia. A liderança política e a espiritual estão fundidas ou intimamente alinhadas.

As teocracias históricas incluem certos períodos de domínio papal e a Genebra de Calvino. Exemplos contemporâneos, ou exemplos parciais, surgem onde os corpos clericais detêm poder de veto sobre a legislação e os cargos públicos. As reivindicações teocráticas baseiam-se na autoridade divina, e não apenas no consentimento popular ou no direito hereditário.

As teocracias restringem a dissidência religiosa e regulam frequentemente a conduta pessoal de acordo com a lei sagrada. Podem proporcionar uma forte coesão social entre os fiéis, ao mesmo tempo que geram conflitos com os não fiéis e com as expectativas modernas dos direitos individuais. As transições para fora do regime teocrático são tipicamente controversas porque desafiam não só as estruturas políticas, mas também as fontes últimas de legitimidade.

Numa teocracia, desafiar o governante pode ser interpretado como desafiar a própria ordem divina.