Όταν οι θρησκευτικές αρχές κυβερνούν άμεσα ή όταν ο νόμος προέρχεται ρητά από το θρησκευτικό δόγμα χωρίς κοσμική υπεροχή, το σύστημα είναι θεοκρατία. Η πολιτική και η πνευματική ηγεσία είναι συγχωνευμένες ή στενά συνδεδεμένες.

Οι ιστορικές θεοκρατίες περιλαμβάνουν ορισμένες περιόδους παπικής κυριαρχίας και τη Γενεύη του Καλβίνου. Εμφανίζονται σύγχρονα παραδείγματα ή μερικά παραδείγματα όπου κληρικά σώματα έχουν δικαίωμα αρνησικυρίας σε νομοθεσία και δημόσια αξιώματα. Οι θεοκρατικές αξιώσεις βασίζονται στη θεϊκή εξουσία και όχι μόνο στη λαϊκή συναίνεση ή στο κληρονομικό δικαίωμα.

Οι θεοκρατίες περιορίζουν τη θρησκευτική διαφωνία και συχνά ρυθμίζουν την προσωπική συμπεριφορά σύμφωνα με τον ιερό νόμο. Μπορούν να παρέχουν ισχυρή κοινωνική συνοχή μεταξύ των πιστών, ενώ παράλληλα δημιουργούν συγκρούσεις με τους μη πιστούς και με τις σύγχρονες προσδοκίες για τα ατομικά δικαιώματα. Οι μεταβάσεις μακριά από τη θεοκρατική διακυβέρνηση είναι συνήθως αμφιλεγόμενες επειδή αμφισβητούν όχι μόνο τις πολιτικές ρυθμίσεις αλλά και τις τελικές πηγές νομιμότητας.

Σε μια θεοκρατία, η αμφισβήτηση του ηγεμόνα μπορεί να θεωρηθεί ως αμφισβήτηση της ίδιας της θεϊκής τάξης.