Gen không tự bật. Vùng khởi động (promoter) là một đoạn DNA nằm ngay phía trước gen, nơi RNA polymerase và các yếu tố phiên mã tập hợp để bắt đầu quá trình phiên mã. Trình tự của vùng này quyết định mức độ và điều kiện biểu hiện của gen.

Các yếu tố thúc đẩy cốt lõi như hộp TATA giúp định vị polymerase. Các yếu tố tăng cường và ức chế ở xa hơn có thể tạo vòng lặp và điều chỉnh hoạt động. Ở vi khuẩn, các vùng khởi động thường ngắn hơn và đồng nhất hơn; các vùng khởi động ở sinh vật nhân chuẩn dài hơn và phức tạp hơn, tích hợp nhiều tín hiệu điều hòa.

Các đột biến trong vùng khởi động gen có thể làm giảm hoặc tăng mạnh biểu hiện gen và gây ra bệnh tật. Các nhà nghiên cứu chèn các vùng khởi động gen có cường độ đã biết vào các cấu trúc được thiết kế để kiểm soát thời điểm và vị trí hoạt động của gen. Việc lập bản đồ cấu trúc vùng khởi động gen vẫn là một nhiệm vụ trọng tâm trong việc hiểu biết về điều hòa gen.

• Vùng DNA khởi đầu quá trình phiên mã gen
• Liên kết với RNA polymerase và các yếu tố phiên mã
• Kiểm soát cường độ và thời điểm biểu hiện
• Độ phức tạp khác nhau giữa vi khuẩn và sinh vật nhân chuẩn.