Çapraz tozlaşma, bir bitkinin çiçeğinden alınan polenin, aynı türün farklı bir bitkisinin çiçeğinin dişi organına (stigmaya) taşınmasıdır ve bu da yavrularda genetik rekombinasyona yol açar. Bu durum, polenin aynı çiçek veya bitki içinde taşındığı kendi kendine tozlaşmanın aksine gerçekleşir. Çapraz tozlaşma, arılar, kelebekler, güveler, kuşlar ve yarasalar gibi biyotik vektörler veya rüzgar ve su gibi abiyotik etkenler tarafından kolaylaştırılır. Elma, armut, badem, salatalık, kabak ve kolza gibi birçok ürün, iyi meyve tutumu ve verim için çapraz tozlaşmaya bağlıdır ve yetiştiriciler genellikle tozlayıcı çeşitler eker veya bal arısı kovanları yerleştirir. Çapraz tozlaşmayı teşvik eden mekanizmalar arasında kendi kendine uyumsuzluk, dikogami (erkek ve dişi organların kademeli zamanlaması) ve heterostili (farklı çiçek biçimleri) bulunur. Çapraz tozlaşma, ürün adaptasyonu ve ıslahı için önemli olan genetik çeşitliliği artırır. Ancak bu durum, geleneksel, organik ve genetiği değiştirilmiş ürünler arasında istenmeyen gen akışına da neden olarak tohum saflığı ve birlikte varoluş konusunda endişelere yol açabilir.