Zapylenie krzyżowe to przeniesienie pyłku z kwiatu jednej rośliny na znamię słupka kwiatu innej rośliny tego samego gatunku, co prowadzi do rekombinacji genetycznej u potomstwa. Kontrastuje to z samozapyleniem, w którym pyłek przenosi się w obrębie tego samego kwiatu lub rośliny. Zapylenie krzyżowe jest ułatwione przez wektory biotyczne, takie jak pszczoły, motyle, ćmy, ptaki i nietoperze, lub przez czynniki abiotyczne, takie jak wiatr i woda. Wiele upraw – w tym jabłonie, grusze, migdały, ogórki, dynia i rzepak – zależy od zapylenia krzyżowego, aby uzyskać dobre zawiązywanie owoców i plony, a rolnicy często sadzą odmiany zapylające lub wprowadzają ule pszczele. Mechanizmy sprzyjające zapyleniu krzyżowemu obejmują samoniezgodność, dychogamię (naprzemienne pojawianie się organów męskich i żeńskich) oraz heterostylię (różne formy kwiatów). Zapylenie krzyżowe zwiększa różnorodność genetyczną, co jest ważne dla adaptacji i hodowli upraw. Może jednak również powodować niepożądany przepływ genów między uprawami konwencjonalnymi, ekologicznymi i modyfikowanymi genetycznie, co budzi obawy o czystość nasion i współistnienie tych roślin.