En lagun är ett grundt vattenområde som är avskilt från öppet hav av en barriärö, sandspett eller korallrev. Vattenutbyte med havet sker genom vikar eller över revkammen, så salthalt och temperatur kan skilja sig markant från förhållandena till havs.

Kustlaguner hyser ofta sjögräsängar, mangroveområden och produktiva fiskeområden. De fungerar som barnkammare för många marina arter och som buffertar som absorberar vågenergi och filtrerar näringsämnen och sediment från land. Mänskliga bosättningar utvecklas ofta runt laguner på grund av deras skyddade vatten och tillgång till både land- och havsresurser.

Laguner är känsliga för förändringar i sötvatteninflöde, inloppsstabilitet och stigande havsnivåer. Föroreningar och övergödning kan försämra vattenkvaliteten snabbt på grund av begränsad spolning. Förvaltningen fokuserar vanligtvis på att upprätthålla förbindelsen med havet, kontrollera näringstillförsel och skydda livsmiljöer i närheten. Varje lagun har en unik balans mellan marin och terrestrisk påverkan.

Vid lågvatten kan en lagun se ut som en stilla sjö; vid högvatten återupprättar havet sin förbindelse.