Un lagon est une étendue d'eau peu profonde séparée de la haute mer par une île barrière, un banc de sable ou un récif corallien. Les échanges d'eau avec l'océan se font par des passes ou par-dessus la crête récifale ; la salinité et la température peuvent donc différer sensiblement de celles du large.

Les lagunes côtières abritent souvent des herbiers marins, des mangroves et des zones de pêche productives. Elles servent de nurseries à de nombreuses espèces marines et de zones tampons qui absorbent l'énergie des vagues et filtrent les nutriments et les sédiments d'origine terrestre. Les établissements humains se développent fréquemment autour des lagunes en raison de leurs eaux abritées et de leur accès aux ressources terrestres et marines.

Les lagunes sont sensibles aux variations des apports d'eau douce, à la stabilité de leurs embouchures et à l'élévation du niveau de la mer. La pollution et l'eutrophisation peuvent rapidement dégrader la qualité de l'eau en raison d'un renouvellement insuffisant. La gestion vise généralement à maintenir la connectivité avec la mer, à contrôler les apports de nutriments et à protéger les habitats riverains. Chaque lagune présente un équilibre unique entre influences marines et terrestres.

À marée basse, une lagune peut ressembler à un lac paisible ; à marée haute, l'océan reprend ses droits.