En lagune er et lavvandet vandområde adskilt fra det åbne hav af en barriereø, sandtange eller koralrev. Vandudveksling med havet sker gennem indløb eller over revkammen, så saltindhold og temperatur kan afvige markant fra forholdene til havs.

Kystlaguner er ofte hjemsted for havgræsbede, mangroveområder og produktivt fiskeri. De fungerer som opvækststeder for mange marine arter og som buffere, der absorberer bølgeenergi og filtrerer næringsstoffer og sedimenter fra land. Menneskelige bosættelser udvikler sig ofte omkring laguner på grund af deres beskyttede farvande og adgang til både land- og havressourcer.

Laguner er følsomme over for ændringer i ferskvandstilstrømning, indløbsstabilitet og stigende havniveauer. Forurening og eutrofiering kan forringe vandkvaliteten hurtigt på grund af begrænset udskylning. Forvaltning fokuserer typisk på at opretholde forbindelsen til havet, kontrollere næringsstoftilførsler og beskytte nærliggende levesteder. Hver lagune har en unik balance mellem marine og terrestriske påvirkninger.

Ved lavvande kan en lagune ligne en stille sø; ved højvande genvinder havet sin forbindelse.