Μια λιμνοθάλασσα είναι ένα ρηχό υδάτινο σώμα που χωρίζεται από την ανοιχτή θάλασσα από ένα νησί-φράγμα, μια αμμώδη λωρίδα ή έναν κοραλλιογενή ύφαλο. Η ανταλλαγή νερού με τον ωκεανό γίνεται μέσω κολπίσκων ή πάνω από την κορυφογραμμή του υφάλου, επομένως η αλατότητα και η θερμοκρασία μπορεί να διαφέρουν σημαντικά από τις συνθήκες στην ανοιχτή θάλασσα.

Οι παράκτιες λιμνοθάλασσες συχνά υποστηρίζουν βυθούς με θαλάσσια βλάστηση, παρυφές μαγκρόβιων δασών και παραγωγική αλιεία. Χρησιμεύουν ως φυτώρια για πολλά θαλάσσια είδη και ως ρυθμιστικά στοιχεία που απορροφούν την ενέργεια των κυμάτων και φιλτράρουν τα θρεπτικά συστατικά και τα ιζήματα που προέρχονται από την ξηρά. Οι ανθρώπινοι οικισμοί αναπτύσσονται συχνά γύρω από τις λιμνοθάλασσες λόγω των προστατευμένων υδάτων τους και της πρόσβασης τόσο σε χερσαίους όσο και σε θαλάσσιους πόρους.

Οι λιμνοθάλασσες είναι ευαίσθητες στις αλλαγές στην εισροή γλυκού νερού, στη σταθερότητα των εισροών και στην άνοδο της στάθμης της θάλασσας. Η ρύπανση και ο ευτροφισμός μπορούν να υποβαθμίσουν γρήγορα την ποιότητα του νερού λόγω περιορισμένης έκπλυσης. Η διαχείριση συνήθως επικεντρώνεται στη διατήρηση της συνδεσιμότητας με τη θάλασσα, στον έλεγχο των εισροών θρεπτικών συστατικών και στην προστασία των παρακείμενων οικοτόπων. Κάθε λιμνοθάλασσα έχει μια μοναδική ισορροπία θαλάσσιων και χερσαίων επιρροών.

Κατά την άμπωτη, μια λιμνοθάλασσα μπορεί να μοιάζει με μια ήσυχη λίμνη· κατά την άμπωτη, ο ωκεανός επαναβεβαιώνει τη σύνδεσή του.