En lagune er et grunt vannområde atskilt fra åpent hav av en barriereøy, sandspett eller korallrev. Vannutveksling med havet skjer gjennom innløp eller over revkammen, så saltinnhold og temperatur kan avvike markant fra forholdene til havs.

Kystlaguner er ofte grunnlaget for sjøgressenger, mangroveområder og produktive fiskerier. De fungerer som oppvekstområder for mange marine arter og som buffere som absorberer bølgeenergi og filtrerer næringsstoffer og sedimenter fra land. Menneskelige bosetninger utvikler seg ofte rundt laguner på grunn av deres beskyttede farvann og tilgang til både land- og sjøressurser.

Laguner er følsomme for endringer i ferskvannstilstrømning, innløpsstabilitet og havnivåstigning. Forurensning og eutrofiering kan forringe vannkvaliteten raskt på grunn av begrenset spyling. Forvaltningen fokuserer vanligvis på å opprettholde forbindelsen med havet, kontrollere næringstilførsel og beskytte nærliggende habitater. Hver lagune har en unik balanse mellom marine og terrestriske påvirkninger.

Ved lavvann kan en lagune se ut som en stille innsjø; ved høyvann gjenopptar havet sin forbindelse.